Con l’avvento della Repubblica Cisalpina, nel 1798, i Domenicani lasciarono definitivamente il convento soppresso, che venne acquistato nel 1818 dalla Curia di Milano per accogliere il Seminario Minore Arcivescovile, insieme alla chiesa
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All’inizio del ‘900 risale la costruzione della cripta – rinnovata nella decorazione nel 1952 – dove è stato collocato un altare con la teca che racchiude il falcastro utilizzato da Carino da Balsamo per uccidere san Pietro Martire nel 1252. Nel 1923 la chiesa assunse il grado di parrocchiale, ora trasferito ad una chiesa più recente, in grado di accogliere un maggiore numero di fedeli.
L’attuale edificio in stile barocchetto risale nelle sue grandi linee al XVII secolo (1660-1685). La facciata della chiesa è caratterizzata dalla sovrapposizione di due ordini architettonici, separati da una trabeazione aggettante; conclude la facciata un timpano triangolare che ne sottolinea il corpo centrale, affiancato a sud dalla torre campanaria.
Oggi lo storico Seminario di Seveso ha cambiato la sua destinazione d’uso diventando il Centro Pastorale Ambrosiano. Il Centro ha anzitutto una vocazione laicale, ma nasce pensandosi da subito in dialogo con la formazione presbiterale e diaconale.
Attraverso il Centro la Diocesi si prende cura dei percorsi formativi riguardanti specifiche figure di responsabilità pastorali. Inoltre restano a Seveso l’Ismi (l’Istituto Sacerdotale Maria Immacolata) realtà molto importante, che cura la formazione dei giovani presbiteri per i primi cinque anni, e la sede del Vicario episcopale di Zona.