Sorto verso la fine del Cinquecento, contemporaneamente ai grandi lavori di costruzione della Villa, conserva di questa prima edificazione alcuni elementi del campanile e uno straordinario altare maggiore ad edicola, opera di artisti lombardi attivi negli stessi anni nella Fabbrica del Duomo di Milano.
Sono presenti numerosi dipinti di grande valore del Seicento e del Settecento. Sul pavimento della cappella di destra la tomba di Gian Luigi Visconti (1685).
La prima cappella a sinistra è dotata di un altare settecentesco in marmi policromi, edificato per volontà del conte Giulio Visconti Borromeo Arese per disporvi la reliquia del corpo di San Clemente.