Abbandonate le polemiche seguite alla morte del “figlio segreto” di Mussolini, che morì all’interno del manicomio nel 1942, gli anni immediatamente successivi alla Seconda Guerra Mondiale costituirono un periodo di vivace dibattito interno al mondo della psichiatria lombarda, che lentamente vide affermarsi la “supremazia” dell’Ospedale Psichiatrico Paolo Pini di Milano, nei confronti della storica e gloriosa struttura di Limbiate.
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Le nuove linee-guida della freniatria imponevano, infatti, legami sempre più forti e consolidati con le cliniche ospedaliere, con le astanterie presenti sul territorio e con la ricerca universitaria: tutti elementi che concorrevano a connotare la lontananza della struttura sanitaria dalla città come fattore estremamente negativo. L’importanza dell’Istituto Paolo Pini crebbe ulteriormente in quegli anni grazie all’accordo stipulato tra la Provincia di Milano e l’Università Statale di Milano per l’istituzione di una cattedra di Psichiatria e l’apertura di un corso di specializzazione in psichiatria affidato al prof. C. G. Riquier. Queste costituiranno le basi per la prima Clinica Universitaria italiana (1958), costituitasi proprio nell’ex manicomio Paolo Pini di Milano.
Le nuove istanze medico-scientifiche, negli anni Sessanta e Settanta, ebbero come effetto principale la costituzione di poli di eccellenza e, quindi, il “declassamento” della struttura di Mombello e la definitiva affermazione della centralità “culturale” del manicomio Paolo Pini, per il quale furono determinanti anche la sua posizione privilegiata rispetto alle altre realtà manicomiali provinciali, la migliore rete di servizi infrastrutturali e la maggiore facilità di scambiare pareri e conoscenze con il mondo accademico. Negli anni Sessanta, inoltre, si assistette alla demolizione di alcuni volumi architettonici (es. Reparto Chiarugi) in un lento processo di iniziale rinnovamento che, nel decennio successivo, condusse alla creazione di significative e lungimiranti esperienze, quali la ‘rinomata’ Casa Alfa, struttura con bar autogestito dagli ospiti, la cui storia rimane ancora da scrivere compiutamente.