La cappella intitolata a San Francesco costituisce un’interessante testimonianza della cultura architettonica e figurativa della seconda metà del XIX secolo e dimostra una particolare originalità nel pieno rispetto di una ricercata unitarietà spaziale. Essa fu ricostruita in stile neorinascimentale nell’Ottocento, rispettando la sua posizione decentrata rispetto la villa di delizia. La cappella di palazzo, infatti, da sempre era stata caratterizzata da un eccezionale isolamento, malgrado costituisse un centro di vita sociale e un luogo per l’accoglienza degli ospiti.
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L’edificio, con un impianto planimetrico rettangolare, si articola in un’unica navata che si conclude nella parte presbiteriale con un’abside semicircolare impostata su un contenuto arcone trionfale.
La piccola cupola emisferica che sormonta il presbiterio e le modeste dimensioni dell’abside dotata ancora di balaustra, contribuiscono a creare uno spazio piuttosto centralizzato, tipicamente neorinascimentale, consono alla funzione di intimo raccoglimento dell’edificio.
I muri perimetrali interni, in cui si aprono nicchie dal chiaro impianto figurativo neorinascimentale, sono decorati con raffigurazioni pittoriche di santi e angeli e con eterogenei stucchi policromi in rilevo, che impreziosiscono gli archi, le colonne e le lesene classicheggianti. In particolare, degne di nota sono le paraste lisce addossate alle pareti, che scandiscono lo spazio, e le lesene a libro poste agli angoli della cappella. Queste ultime presentano decorazioni a candelabra, figure di santi entro ogive sul fusto e capitelli corinzi in stile neobramantesco.
La fascia orizzontale che sormonta i capitelli e funge da imposta alla copertura è invece scandita da teste di santi e apostoli. La cappella è stata affrescata dal Mercanti con la tecnica di origine etrusca dell’encausto, che prevedeva un trattamento del gesso a caldo ottenendo raffinati effetti di lucentezza marmorea, accentuati dall’atmosfera calda dei muri dorati.
