Essendo certi che la consacrazione della chiesa avvenne nel 1754, è plausibile ritenere che le decorazioni interne siano state realizzate a partire dall’anno precedente, nel momento di piena maturità del Borroni. Le differenze di tratto rispetto agli affreschi interni alla villa possono essere dovute alla presenza, accanto al Borroni, di suo figlio Vincenzo. Per quanto invece riguarda la scelta dei soggetti, essi riassumono la religiosità del committente e, in particolare, la sua devozione alle figure angeliche, molto diffusa negli anni di definizione del culto dell’Angelo custode.
L’affresco che domina il centro della cupola è di grande impatto visivo e scenografico. Vi sono rappresentati due angeli su una nuvola che mostrano i chiodi della Passione e alludono al rilievo scolpito sul portale laterale esterno raffigurante San Francesco che riceve la stigmate.
Nell’ovale laterale sinistro è rappresentata un’”Adorazione del Bambino coi Santi Francesco d’Assisi e Carlo Borromeo”: al centro si colloca Gesù, disteso nella mangiatoia, circondato da Maria, San Giuseppe e da un angelo con le mani giunte in preghiera. In primo piano si inginocchiano invece i due santi, oltre le cui teste sono visibili sullo sfondo altri putti.
Nell’ovale laterale destro sono rappresentati numerose figure quali: all’estrema sinistra si colloca Gaetano di Thiene, vicino a Sant’Anna intenta nella lettura di un libro. Alla sua sinistra è visibile San Giovanni Evangelista, seduto nell’atto di scrivere su una stele e affiancato da un’aquila. Il santo ha lo sguardo rivolto verso l’alto, in direzione di San Michele Arcangelo, in piedi alle sue spalle vestito con armatura ed elmo piumato. Sulla destra della composizione si inginocchia infine Santo Stefano, con le braccia aperte di fronte agli altri.
Stefano e Gaetano sono i santi onomastici del committente, Stefano Gaetano Crivelli, mentre gli altri vennero probabilmente scelti per motivi di devozione familiare, non collegati direttamente ai nomi degli eredi (i figli del Crivelli si chiamavano, infatti, Maria Anna, Giovanni, Giovanna e Ignazio Michele). San Michele Arcangelo era, inoltre, un evidente riferimento al suffragio dei defunti che richiamava il desiderio della famiglia Crivelli di trasformare la cappella nel proprio mausoleo.
L’altare maggiore è imponente e la balaustra in marmo è alleggerita dalle volute oltreché da alcuni elementi in ferro battuto. La mensa, con tabernacolo ambrosiano, è aperta nella parte inferiore da un oculo metallico per le reliquie. Sulla sinistra vi è la nicchia degli Olii Santi con portina lignea, anch’essa facente parte della decorazione originaria della cappella.
La ricca cornice in marmo era stata concepita per ospitare la pala d’altare eseguita da Bernardino Campi nel 1569 intitolata “Madonna venerata dai santi Giovanni Battista e Dalmazio”, acquistata direttamente da Stefano Gaetano Crivelli ed oggi in deposito presso Palazzo Isimbardi a Milano. Nella cornice era stata posta, in sua vece, una copia della pala d’altare purtroppo trafugata dalla cappella nel gennaio 2015.
