Fu fondata nel 1349 nel borgo di Garegnano, a circa quattro chilometri dal centro storico della città, per volontà di Giovanni Visconti, Signore ed Arcivescovo di Milano.
Nei primi secoli dalla sua fondazione la Certosa ebbe una storia tormentata. Fu luogo di rifugio per pellegrini e viandanti in un territorio, il Bosco della Merlata, infestato da briganti, ma capitò anche che fosse attaccata e danneggiata.
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Nel 1357 ebbe l’onore di ospitare Francesco Petrarca, che la definì “bella e nobile”.
Il momento di maggior splendore artistico si ebbe tra il ‘500 e il ‘600, quando furono chiamati due grandi artisti a dipingere la chiesa a navata unica. Venne così creato uno spettacolo figurativo unico nel suo genere, con i dipinti del presbiterio e dell’abside realizzati da Simone Peterzano, allievo del Tiziano e maestro di Caravaggio, mentre Daniele Crespi realizzò gli affreschi di tutta la navata e le volte a botte.
Il Monastero sfida il passare dei secoli mantenendo intatto tutto il suo fascino di luogo sacro e culla d’arte.
Per accedere alla chiesa ancora oggi si attraversa il Cortile dell’elemosina ed il Cortile d’onore, una volta riservato solo alle persone più illustri. Purtroppo tra la fine del Settecento e l’inizio del XIX secolo il monastero venne in parte demolito, in parte venduto ai privati e in parte adibito a magazzino di polvere da sparo. Dell’antico edificio, rimangono la chiesa, il Chiostro della foresteria, parte del Piccolo chiostro, la Sala capitolare e il Refettorio, trasformato in cappella delle suore francescane.
