A lato della Basilica si erge il campanile gotico, risalente al XV secolo. Alla sua sommità sono collocate otto campane, opera del fonditore varesino Felice Bizzozero.
I bronzi, realizzati nel 1843, sono ritenuti tra i migliori concerti di campane esistenti e sono stati oggetto di ben tre incisioni discografiche. Le 8 campane, la più grande delle quali ha un diametro di 1,75 metri e pesa 34,360 quintali, sono intitolate ciascuna a vari Santi, alla Beata Vergine Maria e all’Angelo Custode e ancor oggi vengono suonate dal gruppo dei campanari di Desio.
La presenza di campane bronzee nella basilica risale già al Cinquecento, circostanza che spiega il tripudio e la partecipazione con cui la cittadinanza assistette nel 1843 all’installazione dell’attuale gruppo campanario: dalle cronache dell’epoca risulta che dovette addirittura intervenire la gendarmeria per mantenere l’ordine tra il numeroso pubblico.